Hola,
Yo tengo experiencia mínima, pero algo puedo comentarte, estos temas tienen mas miga de la que parece.
Primero, hay raid tanto por hardware como software, hoy en día la mayoría de placas madre traen Raid y es mejor raid por hardware que por software, por hardware tiene una controladora especifica para ello.
Por software se puede hacer de manera nativa desde Windows como comentas, la desventaja de esto es que es el procesador del equipo el que se encarga de esta tarea, hace años en equipos mas antiguos pues te cargaba mas el micro, en la actualidad con los micros tan potentes que hay el gasto es ridículo, no sabría decirte porcentajes porque esto depende de cada micro.
Y por eso es mejor por hardware, porque liberas el micro de esa pequeña tarea.
A tu pregunta de si corres riesgo, en teoría no, pero NUNCA te fíes, antes de hacer nada ten un backup de tus 3 discos duros por lo que pueda pasar.
El primer disco que es donde esta el sistema operativo no debería de correr ningún riesgo, porque con el no vas a hacer nada, donde vas a crear el Raid es en el disco 2 y 3.
En el disco 2 y 3 el riesgo sera que no estén vacíos y pierdas datos, por eso la importancia del backup, dependerá del tipo de raid que crees, porque si creas raid 0 para conseguir mayor rendimiento los datos los perderás porque tienen que estar vacíos los discos, si creas Raid 1 (espejo) no tendrás mayor rendimiento, pero tendrás la misma información en los dos discos duros, con lo cual si uno se rompe te avisara y el equipo seguirá trabajando igual con el otro hasta que pongas un disco duro nuevo.
Y creo que si haces el Raid 1, si pones en primer lugar el disco 2 que sera el que tenga los datos y el disco 3 vació, lo clonara y no perderás ningún dato, pero no me hagas mucho caso que ya ni me acuerdo, por eso siempre backup.
Teniendo solo dos discos duros puedes hacer el Raid 0 para mejorar rendimiento ya que copia los datos la mitad en cada disco, así lo hace en la mitad de tiempo, lo malo que como se rompa un disco duro pierdes los datos también del otro disco duro, ya que escribió la mitad de los datos en cada disco.
Y el Raid 1, sigues con el mismo rendimiento, pero tendrás los datos en los dos disco duros idénticos, si uno se estropea seguirá usando el otro, este sistema la pega es que de los 2GB de cada disco, no tienes en total 4GB para poder usar, realmente solo tienes 2GB para tus ficheros, ya que en el otro disco no puedes meter nada, porque es una copia idéntica del otro disco duro.
Si quieres ver un poco mas sobre el Raid 0 y Raid 1 mirate este link:
Administrar espacios de almacenamiento
Si quieres crear un Raid 0 de manera nativa desde Windows 10:
Crear Raid 0 por software en Windows 10
Si quieres crear un Raid 1 de manera nativa desde Windows 10:
Crear Raid 1 por software en Windows 10
Mi recomendación seria que te crees una maquina virtual con VirtualBox o el que mas te guste y hagas tus pruebas, así puedes probar tus preguntas y salir de dudas.
Saludos